空壓機里的冷卻器在長期使用中，會出現許多污垢殘留，所以冷卻器在使用一段時間后也要定期清理，之所以要定期清理是因為污垢在冷卻器中會堵塞傳熱系統工作，讓其壓縮機進氣，排氣溫度過高，空氣無法冷卻到指定溫度，會造成壓縮機損壞，并且會直接影響使用安全。正因如此定期清理壓縮機冷卻器的污垢是十分重要的。
在我們日常生活中清理的辦法很多，比如物理方式清除，使用常用清洗用具來回進行滾動，直至污垢完全消除，然后在用清水清洗完成。
還有另外的辦法，就是因為冷卻器內大多是水垢較多，所以可以先用鹽酸稀釋水倒入冷卻器，記住一定要稀釋，否則會腐蝕金屬。把稀釋好的液體倒入冷卻器內，然后注入清除，來回循環使用清水清洗，正常循環2小時左右。如果是冬天清洗，可以把水溫升高，這樣就可以提高清洗效果，加快清洗速度，最后把鹽酸稀釋水排出，再用清水清洗就可以正常使用了。